お世話になっております。
(1)結合時にしおりを作成するときに「ナビゲーションパネルのしおりを開いた状態」に設定しても、同ファイルに上書き編集、例えば「ヘッダー・フッター設定」でページ番号を振ると、「しおりを開いた状態」の設定が無くなってしまいます。
上書きで編集を加えても、「しおりを開いた状態」の設定が消えないようになればうれしいです。
(2)ファイルを結合するとき保存場所を問われますが、結合する先頭ファイルのパスを取得して、同フォルダに「〇〇〇結合.pdf」のように勝手に名前を付けて保存してもらえると、結合作業の利便性が格段に上がると思います。(基本的に【元ファイル】をリネームして残す仕様のようですが、結合では元ファイルは複数あるのでリネームせず、結合後のファイルに対して勝手リネームすれば良いのではないかと思います)
大変お世話になっているソフトに対して申し訳ないですが、ご検討していただけたらなと思います。